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O atual edifício da Escola Básica Pedro Nunes foi inaugurado em 1995 e localiza-se a norte do centro urbano da cidade de Alcácer do Sal, integrando um complexo que inclui o Pavilhão Gimnodesportivo e a Piscina Municipal, onde decorrem aulas de Educação Física e Desporto Escolar.
Até aí a escola funcionou em pavilhões provisórios numa localização contígua à escola secundária.
Em Setembro de 2006, foi constituído o Agrupamento de Escolas de Alcácer do Sal, sendo então formado por três Jardins de Infância, um Centro de Educação Pré-escolar e quatro pólos de itinerância de Educação Pré-escolar. Dele faziam ainda parte nove escolas do 1º Ciclo e a Escola do Ensino Básico dos 2º e 3º Ciclos, Pedro Nunes, sede do Agrupamento.
O patrono
O Patrono da Escola, Pedro Nunes (1502-1578), foi um cosmógrafo e matemático, considerado um dos maiores expoentes da cultura renascentista portuguePedro Nunessa do século XVI. Nasceu em Alcácer do Sal e foi professor na Universidade de Coimbra, tendo desenvolvido vários trabalhos científicos sendo o mais famoso o De Crepusculis e inventado o nónio, um instrumento náutico de determinação da localização.